Hoạt động nghiên cứu khoa học của Viện Bảo tồn và Phát triển Văn hoá Truyền thống được xác lập như nền tảng tri thức cốt lõi, bảo đảm tính hàn lâm, định hướng phương pháp và chiều sâu học thuật cho toàn bộ các lĩnh vực tư vấn, dịch thuật và xuất bản của Viện. Trên phương diện tổ chức nhân sự, Viện quy tụ một đội ngũ nghiên cứu nòng cốt có chuyên môn liên ngành, đồng thời duy trì mạng lưới cộng tác viên học thuật rộng khắp trong và ngoài nước. Lực lượng này bao gồm các nhà nghiên cứu về lịch sử, Hán Nôm, văn hoá học, nhân học, văn học, địa lý văn hoá và di sản, đến từ các viện nghiên cứu, trường đại học và thiết chế văn hoá uy tín. Mô hình kết hợp giữa đội ngũ thường trực và cộng tác viên cho phép Viện vừa bảo đảm tính ổn định trong định hướng nghiên cứu, vừa linh hoạt trong việc huy động tri thức chuyên sâu cho từng chủ đề và dự án cụ thể.
Về năng lực cá nhân, nhiều thành viên và cộng tác viên của Viện là các học giả đã có hồ sơ xuất bản vững chắc trong nước và quốc tế. Các công trình nghiên cứu, chuyên khảo, bài báo khoa học và bản dịch học thuật của họ được công bố tại những nhà xuất bản và diễn đàn học thuật có uy tín, như Nhà xuất bản Đại học Quốc gia Hà Nội, Nhà xuất bản Thế giới, cũng như trong không gian Pháp ngữ và các tạp chí khoa học xã hội – nhân văn. Không ít thành viên tham gia các dự án nghiên cứu hợp tác quốc tế, hội thảo khoa học song phương và đa phương, qua đó khẳng định năng lực hội nhập học thuật và khả năng đối thoại bình đẳng với giới nghiên cứu khu vực và toàn cầu. Chính nền tảng xuất bản và nghiên cứu đã được kiểm chứng này giúp Viện duy trì chuẩn mực khoa học cao trong các đề tài, đồng thời bảo đảm độ tin cậy của tri thức do Viện sản xuất và lan tỏa.
Đáng chú ý, nghiên cứu khoa học tại Viện không chỉ dừng lại ở bình diện lý thuyết hay xuất bản hàn lâm, mà còn được triển khai mạnh mẽ theo hướng nghiên cứu ứng dụng về di sản. Các dự án thực tiễn mà Viện tham gia, tiêu biểu như “Hành trình du lịch di sản Hà Nội” hay các chương trình nghiên cứu, tư vấn văn bia, phục dựng tư liệu Hán Nôm và xây dựng hồ sơ di tích, đều được thiết kế như những không gian thử nghiệm học thuật. Tại đó, tri thức lịch sử, văn hoá và văn bản học được vận dụng trực tiếp vào việc giải quyết các vấn đề cụ thể của bảo tồn, diễn giải và phát huy giá trị di sản. Quá trình này đồng thời tạo ra dữ liệu mới, phương pháp tiếp cận mới và các mô hình thực hành có khả năng khái quát hoá thành kết quả nghiên cứu khoa học.
Thông qua sự gắn kết chặt chẽ giữa nghiên cứu cơ bản và nghiên cứu ứng dụng, Viện từng bước hình thành một hệ sinh thái tri thức về di sản, trong đó các dự án thực tiễn vừa là đối tượng nghiên cứu, vừa là phương tiện để kiểm nghiệm và làm giàu lý thuyết.